時間匆匆易逝，轉(zhuǎn)眼間1月份即將結(jié)束，在即將過去的1月里，Nature雜志又有哪些亮點研究值得學(xué)習(xí)呢？小編對相關(guān)文章進行了整理，與大家一起學(xué)習(xí)！

【1】Nature：利用FIND-seq成功分離和分析在多發(fā)性硬化癥中發(fā)揮關(guān)鍵作用的星形膠質(zhì)細胞亞群
Iain C. Clark et al. Identification of astrocyte regulators by nucleic acid cytometry. Nature，2023， doi：10.1038/s41586-022-05613-0.
罕見的細胞類型可能對人類健康產(chǎn)生不適當?shù)挠绊?。以前的研究已表明大腦和脊髓中的星形膠質(zhì)細胞的一個亞群可能是導(dǎo)致多發(fā)性硬化癥（MS）的原因。在這種疾病中，免疫系統(tǒng)會攻擊保護神經(jīng)的覆蓋層。但要找到這些罕見的細胞并非易事，科學(xué)家們需要確定獨特的表面標志物，以將這些罪魁禍首細胞與其他細胞區(qū)分開來。單細胞RNA測序可以幫助找到它們，即使在沒有區(qū)分性的表面標志物的情況下，也是如此，但是這種技術(shù)可能變得極其昂貴。
為了解決這個問題，在一項新的研究中，來自美國布萊根婦女醫(yī)院和加州大學(xué)舊金山分校等研究機構(gòu)的研究人員通過結(jié)合核酸細胞儀、微流控技術(shù)和液滴分選，開發(fā)出FIND-se，可根據(jù)數(shù)字液滴PCR檢測的mRNA生物標志物的表達來分離和分析感興趣的罕見細胞。相關(guān)研究結(jié)果于2023年1月3日在線發(fā)表在Nature期刊上，論文標題為“Identification of astrocyte regulators by nucleic acid cytometry”。

通過使用這種方法，這些作者非常詳細地分析了驅(qū)動中樞神經(jīng)系統(tǒng)炎癥和神經(jīng)退化的星形膠質(zhì)細胞群體。當與其他工具結(jié)合使用時，FIND-seq確定了由鹽皮質(zhì)激素受體NR3C2和NCOR2（nuclear receptor corepressor 2）控制的信號通路，這些信號通路在小鼠和人類的致病性星形膠質(zhì)細胞的產(chǎn)生中起著重要作用。在另一項研究中，他們利用FIND-seq確定了HIV在接受抗逆轉(zhuǎn)錄病毒療法治療的患者中用來“躲藏”免疫細胞的機制。
【2】Nature：新研究揭示HIV病毒庫細胞如何抵抗人類免疫反應(yīng)的消除
Weiwei Sun et al. Phenotypic signatures of immune selection in HIV-1 reservoir cells. Nature， 2023， doi：10.1038/s41586-022-05538-8.
感染后不久，HIV-1通過在體內(nèi)形成病毒庫（viral reservoir）---感染了HIV但不積極產(chǎn)生新病毒的細胞，從而建立起終身感染?？鼓孓D(zhuǎn)錄病毒療法（ART）降低了血液中的HIV水平，但是一小部分感染這種病毒的細胞會無限期地存在，使HIV感染成為一種不治之癥。那些能夠在停止ART治療后重新觸發(fā)感染的細胞極其罕見，而且直到現(xiàn)在還沒有被識別和表征。
在一項新的研究中，來自美國國家過敏與傳染病研究所、拉根研究所和麻省總醫(yī)院的研究人員報告了允許對單細胞進行多維表征（單細胞蛋白基因組分析）的新技術(shù)的應(yīng)用，研究了直接從HIV-1感染者身上分離的HIV病毒庫細胞。通過這種新的技術(shù)方法，他們發(fā)現(xiàn)了標志性的表面標志物，這可能解釋了一些HIV病毒庫細胞如何能夠長期存在并抵抗宿主的免疫反應(yīng)。這一發(fā)現(xiàn)可能為未來治愈HIV感染的策略提供參考。相關(guān)研究結(jié)果于2023年1月4日在線發(fā)表在Nature期刊上，論文標題為“Phenotypic signatures of immune selection in HIV-1 reservoir cells”。
研究者Mathias Lichterfeld博士說，“高通量單細胞測序如今使我們能夠精確地研究極少數(shù)受感染細胞的表面特征，盡管接受了ART治療，這些細胞仍能終身存在，并且在停止治療后會促進HIV反彈。有了這些知識，我們就能了解它們的易感性和脆弱性，并能開發(fā)出靶向這些細胞的定制免疫反應(yīng)?！边@些作者收集了5名HIV陽性研究參與者的外周血細胞。其中的四名參與者已接受了大約10年的ART治療，還有1人是盡管沒有接受ART治療但血液中的HIV水平卻無法檢測出來的“精英控制者（elite controller）”。他們還分析了其中的兩名參與者在接受ART治療僅1-2年后的早期血液樣本。他們還收集了三名已接受了10～15年ART治療的HIV陽性研究參與者的淋巴結(jié)細胞。從這些樣本中，他們分離出了CD4+記憶T細胞，即在對感染作出反應(yīng)時產(chǎn)生的白細胞，它們是HIV的主要靶細胞。
這些作者開發(fā)了一種新的實驗策略，稱為表型和前病毒測序（phenotypic and proviral sequencing， PheP-Seq），這是一種單細胞下一代測序技術(shù)，用于評估單個病毒感染細胞表面上的生物標志物。利用PheP-Seq，他們分析了53萬多個外周血細胞和39.6萬個淋巴結(jié)細胞。
【3】Nature：新研究揭示HIV感染的CD4 T細胞病毒庫的HIV沉默和細胞存活特征
Iain C. Clark et al. HIV silencing and cell survival signatures in infected T cell reservoirs. Nature， 2023， doi：10.1038/s41586-022-05556-6.
了解HIV在抗逆轉(zhuǎn)錄病毒療法（ART）治療期間如何持續(xù)存在，可以推動尋找安全和可擴展的HIV治愈方法。這方面的一個核心例子是潛伏病毒庫概念，在潛伏病毒庫中，一些HIV前病毒（HIV provirus）被認為是通過保持靜止狀態(tài)，使得攜帶它們的宿主細胞免于病毒或免疫介導(dǎo)的殺傷而持續(xù)存在。支持這一概念的證據(jù)包括體外樣本中存在罕見的CD4記憶T細胞，這些細胞可誘導(dǎo)性地表達HIV，以及來自培養(yǎng)模型的表明HIV轉(zhuǎn)錄遭受分子阻斷的數(shù)據(jù)。這些發(fā)現(xiàn)和其他發(fā)現(xiàn)促使人們開發(fā)能夠誘導(dǎo)HIV轉(zhuǎn)錄的潛伏期逆轉(zhuǎn)劑（latency-reversing agent， LRA），目的是使得受感染的細胞在體內(nèi)被消除。
然而，在LRA的臨床試驗中，沒有明顯減少HIV病毒庫的大小，這強調(diào)了在治愈HIV的障礙方面還有很多未知數(shù)。特別重要的是，長期以來對HIV感染的CD4 T細胞病毒庫的生物學(xué)特性并不清楚。由于血液和組織中含有靜止病毒的細胞在沒有大量操縱的情況下是無法識別的，因此無法確定這些罕見的細胞是否具有有利于HIV潛伏的特殊屬性，或以其他方式有助于實現(xiàn)HIV在ART治療期間的持續(xù)存在。試圖通過檢測HIV在表型、功能或解剖學(xué)CD4 T細胞亞群中的富集程度來規(guī)避這一障礙的研究在某些情況下使用先進的單細胞分析---發(fā)現(xiàn)多種CD4 T細胞亞群的感染細胞水平較低，這就凸顯了HIV細胞庫的異質(zhì)性。因此，識別ART治療期間HIV感染的CD4 T細胞的獨特生物特征已成為HIV治愈研究的一個核心挑戰(zhàn)。

利用FIND-seq對HIV-DNA+ CD4記憶T細胞進行全轉(zhuǎn)錄組分析

為了幫助應(yīng)對這一挑戰(zhàn)，在一項新的研究中，來自美國國家過敏與傳染病研究所和加州大學(xué)舊金山分校等研究機構(gòu)的研究人員開發(fā)出一種定制的微流控技術(shù)，能夠直接在體外對HIV感染細胞進行無偏見的檢測和基因表達分析。這種技術(shù)被稱為通過核酸檢測和測序?qū)毎M行聚焦探究（focused interrogation of cells by nucleic acid detection and sequencing， FIND-seq），在油包水液滴中分離出數(shù)百萬個細胞，以便立即裂解，然后進行聚腺苷化RNA序列回收，再根據(jù)HIV DNA檢測進行分選。這種方法從含有靜止病毒的細胞中分離出整個轉(zhuǎn)錄組，不需要體外潛伏期逆轉(zhuǎn)，從而捕捉到這些細胞在自然狀態(tài)下的全轉(zhuǎn)錄組圖譜。相關(guān)研究結(jié)果于2023年1月4日在線發(fā)表在Nature期刊上，論文標題為“HIV silencing and cell survival signatures in infected T cell reservoirs”。
【4】Nature：先前感染SARS-CoV-2是否改變?nèi)梭w對其他威脅的免疫反應(yīng)取決于人體的性別
Rachel Sparks et al. Influenza vaccination reveals sex dimorphic imprints of prior mild COVID-19. Nature， 2023， doi：10.1038/s41586-022-05670-5.
長期以來，感染對免疫系統(tǒng)的長期影響一直吸引著耶魯大學(xué)免疫生物學(xué)者John Tsang。在身體面對一種病原體后，免疫系統(tǒng)是否會回到以前的基線？還是說一次感染就改變了它的方式，使它不僅對熟悉的病毒有反應(yīng)，而且對下一次面臨的新病毒或細菌威脅也有反應(yīng)？Tsang長期以來一直認為，免疫系統(tǒng)在病毒感染后會恢復(fù)到之前的穩(wěn)定基線。2020年COVID-19大流行的出現(xiàn)使得他和同事們能夠測試這一理論。根據(jù)一項新的研究，他們發(fā)現(xiàn)，答案取決于個人的性別。相關(guān)研究結(jié)果于2023年1月4日在線發(fā)表在Nature期刊上，論文標題為“Influenza vaccination reveals sex dimorphic imprints of prior mild COVID-19”。
在這項新的研究中， Tsang和他的同事們系統(tǒng)地分析了接種過流感疫苗的健康人的免疫反應(yīng)。根據(jù)這些數(shù)據(jù)，他們隨后比較了那些從未感染過SARS-CoV-2（導(dǎo)致COVID-19的冠狀病毒）的人和那些感染這種病毒后出現(xiàn)過輕微癥狀但已經(jīng)康復(fù)的人之間的免疫反應(yīng)。令他們吃驚的是，他們發(fā)現(xiàn)從COVID-19輕度病例中康復(fù)的男性的免疫系統(tǒng)對流感疫苗的反應(yīng)比有過輕度病例的女性或從未被感染過的男性和女性更強。他們指出實質(zhì)上，先前感染SARS-CoV-2的男性的基線免疫狀態(tài)發(fā)生了改變，從而改變了對不同于SARS-CoV-2的暴露的反應(yīng)。
Tsang說，“這完全出乎意料。女性通常對病原體和疫苗有更強的整體免疫反應(yīng)，但也更有可能患上自身免疫性疾病。這些發(fā)現(xiàn)也可能與大流行病早期的一項觀察有關(guān)：在感染SARS-CoV-2后，男性比女性更有可能死于失控的免疫反應(yīng)。這些新的研究結(jié)果表明，即使是輕微的COVID-19病例，也可能在男性身上引發(fā)比女性更強烈的炎癥反應(yīng)，導(dǎo)致男性免疫系統(tǒng)發(fā)生更明顯的功能變化，甚至在康復(fù)后很久，也是如此。
【5】兩篇Nature：科學(xué)家發(fā)現(xiàn)了一種新的CRISPR-Cas剪刀---CRISPR–Cas12a2
Oleg Dmytrenko et al. Cas12a2 Elicits Abortive Infection via RNA-triggered Destruction of dsDNA. Nature，2023， doi：10.1038/s41586-022-05559-3.
Jack P. K. Bravo et al. RNA Targeting Unleashes Indiscriminate Nuclease Activity of CRISPR-Cas12a2. Nature，2023， doi：10.1038/s41586-022-05560-w.
像人類一樣，細菌和古生菌也會受到病毒的攻擊。這些微生物已進化出自己的免疫防御策略，以對抗它們的病原體。細菌防御系統(tǒng)，如CRISPR-Cas系統(tǒng)，具有多樣化的蛋白和功能，幫助細菌保護自己免受外來入侵者入侵。這種免疫防御基于一個共同的機制：CRISPR核糖核酸（CRISPR ribonucleic acid， crRNA）作為“向?qū)?/span>RNA（gRNA）”，幫助檢測外來基因組（比如病毒DNA）的區(qū)域，以便進行靶向切割。由crRNA指導(dǎo)的CRISPR相關(guān)（Cas）核酸酶可以像一把剪刀一樣切割它的靶標：這是人類在許多技術(shù)中利用的一種自然策略。
來自美國猶他州立大學(xué)的生物化學(xué)學(xué)者Thomson Hallmark和Ryan Jackson與他們的合作者一起，發(fā)表了兩篇具有開創(chuàng)性的論文。他們的研究結(jié)果描述了一種新發(fā)現(xiàn)的CRISPR-Cas免疫系統(tǒng)的結(jié)構(gòu)和功能，與更知名的讓外來基因滅活來保護細胞的CRISPR-Cas系統(tǒng)不同，這種新的系統(tǒng)關(guān)閉受感染的細胞來阻擋感染。相關(guān)研究結(jié)果于2023年1月4日在線發(fā)表在Nature期刊上，論文標題分別為“Cas12a2 elicits abortive infection through RNA-triggered destruction of dsDNA”和“RNA targeting unleashes indiscriminate nuclease activity of CRISPR–Cas12a2”。
Jackson說，“通過這種稱為CRISPR-Cas12a2的新系統(tǒng)，我們觀察到了它的結(jié)構(gòu)和功能與迄今為止在CRISPR-Cas系統(tǒng)中觀察到的結(jié)構(gòu)和功能都不同?！弊鳛榈谝黄撐牡谝蛔髡叩?/span>Oleg Dmytrenko博士說，“我們正在探索最初與Cas12a歸類在一起的CRISPR核酸酶，這類核酸酶通過識別和切割侵入性DNA來保護細菌。一旦我們發(fā)現(xiàn)了更多的它們，我們就意識到它們與Cas12a有足夠的不同，可以進行更深入的研究。這種探索使我們發(fā)現(xiàn)這些我們稱之為Cas12a2的核酸酶，它們不僅與Cas12a有很大的不同，而且與任何其他已知的CRISPR核酸酶也有很大的不同?！?/span>
【6】Nature：通過構(gòu)建含有20多萬張細胞圖像的數(shù)據(jù)庫，發(fā)現(xiàn)形狀相似的細胞具有類似的內(nèi)部組織
Matheus P. Viana et al. Integrated intracellular organization and its variations in human iPS cells. Nature，2023， doi：10.1038/s41586-022-05563-7.
在一項新的研究中，來自美國艾倫細胞科學(xué)研究所（Allen Institute for Cell Science）的研究人員通過處理數(shù)十萬張高分辨率圖像，對人類細胞的內(nèi)部組織（internal organization）---一種迄今為止被證明非常難以定量確定的生物學(xué)概念---進行了統(tǒng)計。他們還捕捉到了關(guān)于細胞形狀豐富變化的細節(jié)，即使是在相同條件下生長的基因完全一致的細胞。相關(guān)研究結(jié)果于2023年1月4日在線發(fā)表在Nature期刊上，論文標題為“Integrated intracellular organization and its variations in human iPS cells”。

WTC-11 hiPSC單細胞圖像數(shù)據(jù)集v1包括25種代表位于細胞所有主要區(qū)室的關(guān)鍵細胞結(jié)構(gòu)的細胞系

研究者Susanne Rafelski博士說，“細胞的組織方式告訴我們一些關(guān)于它們的行為和身份的信息。當我們都試圖了解細胞在健康和疾病中如何變化時，這個領(lǐng)域一直缺少的是處理這種細胞內(nèi)部組織的嚴格方法。我們還沒有挖掘出這種信息?！?/span>Rafelski說，這項新的研究為生物學(xué)家們提供了一個路線圖，以一種可測量的、定量的方式了解不同類型的細胞的內(nèi)部組織。它還揭示了這些作者研究的稱為人類誘導(dǎo)性多能干細胞（human induced pluripotent stem cell， iPS細胞）的細胞的一些關(guān)鍵組織原則。
了解細胞在健康條件下如何組織自己---以及“正?！睜顟B(tài)下所包含的全部變化---可以幫助科學(xué)家們更好地了解疾病中的問題所在。這項新研究中的圖像數(shù)據(jù)集、經(jīng)過基因改造的干細胞和代碼都是公開的，供科學(xué)界中的其他科學(xué)家使用。加州大學(xué)舊金山分校生物化學(xué)與生物物理學(xué)教授、艾倫細胞科學(xué)研究所科學(xué)顧問委員會成員Wallace Marshall博士說，“使得細胞生物學(xué)看起來難以解決的部分原因是，每個細胞看起來都不一樣，即使它們是同一類型的細胞。這項新的研究表明，這種長期困擾該領(lǐng)域的可變性實際上是研究細胞內(nèi)部組成規(guī)則的一個機會。這種方法幾乎可以推廣到任何細胞，我期望其他許多人也能采用同樣的方法?！?/span>
【7】Nature：構(gòu)建出在人類細胞中發(fā)現(xiàn)的300多種蛋白激酶的綜合圖譜
Jared L. Johnson et al. An atlas of substrate specificities for the human serine/threonine kinome. Nature，2023， doi：10.1038/s41586-022-05575-3.
人類最重要的酶之一是蛋白激酶，它們是調(diào)節(jié)幾乎所有細胞活動（包括生長、細胞分裂和代謝）的信號分子。這些細胞途徑的功能失調(diào)可導(dǎo)致多種疾病，特別是癌癥。識別參與細胞功能障礙和癌癥發(fā)展的蛋白激酶可以產(chǎn)生許多新的藥物靶標，但是對于這些激酶中的絕大多數(shù)，科學(xué)家們并沒有清楚地了解它們參與了哪些細胞途徑，或者它們的底物是什么。
美國麻省理工學(xué)院精準癌癥醫(yī)學(xué)中心主任Michael Yaffe教授說，“我們有大量的癌癥基因組測序數(shù)據(jù)，但我們?nèi)鄙俚氖菍Π┌Y中信號通路和蛋白激酶激活狀態(tài)的大規(guī)模研究。如果我們有這些信息，我們就會對如何治療特定的腫瘤有更好的想法?！痹谝豁椥碌难芯恐?，Yaffe、耶魯大學(xué)醫(yī)學(xué)院的Benjamin E. Turk博士和威爾康乃爾醫(yī)學(xué)院的Lewis C. Cantley博士及其同事們構(gòu)建出一個包含在人類細胞中發(fā)現(xiàn)的300多種蛋白激酶的綜合圖譜，并確定了它們可能靶向和控制哪些蛋白。這些信息可能幫助科學(xué)家們破譯許多細胞信號通路，并幫助他們發(fā)現(xiàn)當細胞發(fā)送癌變或用特定藥物治療時，這些信號通路會發(fā)生什么變化。相關(guān)研究結(jié)果于2023年1月11日在線發(fā)表在Nature期刊上，論文標題為“An atlas of substrate specificities for the human serine/threonine kinome”。
人類基因組包括500多種蛋白激酶，它們通過給其他蛋白標記上稱為磷酸基團的化學(xué)修飾來激活或失活這些蛋白。對于這些激酶中的大多數(shù)，它們所靶向的蛋白是未知的，盡管對MEK和RAF等激酶的研究已導(dǎo)致了抑制這些激酶的新癌癥藥物，其中MEK和RAF這兩種激酶都參與了控制生長的細胞途徑。為了確定癌細胞中失調(diào)的其他途徑，這些作者依靠使用質(zhì)譜的磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)（phosphoproteomics）來發(fā)現(xiàn)癌細胞或健康細胞中磷酸化程度較高的蛋白。然而，在此之前，還沒有一種簡單的方法來研究質(zhì)譜數(shù)據(jù)，以確定哪些蛋白激酶負責磷酸化這些蛋白。正因為如此，這些蛋白在疾病中是如何受到調(diào)控或遭受異常調(diào)控的仍是未知的。
【8】Nature：科學(xué)家使用鐵磁機器人實現(xiàn)靈活高效的自動化病毒檢測
Haisong Lin，Wenzhuo Yu，Kiarash A Sabet，et al. Ferrobotic swarms enable accessible and adaptable automated viral testing，Nature.2022 Nov；611(7936)：570-577. doi：10.1038/s41586-022-05408-3
在全球范圍內(nèi)提高病毒診斷和監(jiān)測檢測能力是流行病預(yù)防的關(guān)鍵。核酸擴增檢測（NAATs）相比抗原抗體檢測具有更優(yōu)的靈敏度、特異性和快速部署能力。然而，當前基于 NAAT 的自動化檢測平臺無法靈活實現(xiàn)集成的液體處理、分析和自動反饋流程，并且它們的設(shè)備笨重、昂貴、試劑損耗大，需要繁瑣的安裝和維護要求，因此限制了其檢測能力。近日，來自加州大學(xué)洛杉磯分校（UCLA）的研究團隊在《Nature》期刊上發(fā)表題為“Ferrobotic swarms enable accessible and adaptable automated viral testing”的文章。該研究開發(fā)了一種基于NAAT的自動化檢測平臺，可以在靈活的工作流程中以并行方式執(zhí)行可編程的液體處理和生物分析操作。
該平臺使用一群毫米級大小的磁鐵作為執(zhí)行機器人（“鐵磁機器人”），它們可以精確操控磁性樣品液滴，并在核酸擴增檢測的基礎(chǔ)上高保真地提供靈活的工作流程。該平臺將流體設(shè)備、硬件和軟件集成在一塊手掌大小的印刷電路基板（PCB）上，可同時對16個樣本進行檢測。通過對PCB進行編程后能夠以全自動化的方式完成包括樣本輸運、分液、混合、逆轉(zhuǎn)錄循環(huán)介導(dǎo)等溫擴增（RT-LAMP）和比色法光電檢測在內(nèi)的全部流程。此外，為了最大限度地提高篩查效率，研究人員建立了基于患病率的自適應(yīng)檢測算法。
該算法可以確定最佳的檢測模式，并根據(jù)方形矩陣集合方案操作檢測流程，避免了過于繁瑣的樣本處理程序。隨后，研究人員使用病毒樣本對該平臺的檢測性能進行測試，并與RT-PCR檢測(金標準)進行比較，結(jié)果顯示該平臺的檢測靈敏度為98%，特異性為100%。
【9】Nature：科學(xué)家繪制出靈長類胚胎原腸運動至早期器官發(fā)育轉(zhuǎn)錄組圖譜
Jinglei Zhai，Jing Guo，Haifeng Wan，et al. Primate gastrulation and early organogenesis at single-cell resolution，Nature.2022 Dec；612(7941)：732-738. doi：10.1038/s41586-022-05526-y
人的生命始于精子與卵子融合形成受精卵（胚胎期第0天；Embryonic day 0；E0），受精卵經(jīng)歷卵裂形成囊胚，囊胚在E7左右種植到母體子宮進一步發(fā)育。E14開始，胚胎經(jīng)歷原腸運動，胚胎后部細胞發(fā)生大規(guī)模定向遷移，并形成原條細胞。原條細胞進一步分化為中胚層和定型內(nèi)胚層（definitive endoderm），同時胚胎前部細胞分化為外胚層?；诖?，胚胎發(fā)育成為具有內(nèi)胚層、中胚層和外胚層的三胚層胚胎。經(jīng)過復(fù)雜的信號通路調(diào)控，三胚層胚胎進一步形成各種器官原基，并最終形成我們身體中包括神經(jīng)系統(tǒng)、消化系統(tǒng)、呼吸系統(tǒng)、心血管循環(huán)系統(tǒng)、泌尿生殖系統(tǒng)等所有系統(tǒng)的各種器官。原腸運動和三胚層分化異常與多種出生缺陷（如先天性心臟病和神經(jīng)管畸形等）和發(fā)育源性疾病相關(guān)。探索人類早期胚胎發(fā)育過程及機制對于這些疾病的診斷和治療至關(guān)重要。

CS8-CS11時期食蟹猴胚胎的明場圖（左）與38種主要細胞類群（右）

中國科學(xué)院動物研究所王紅梅和郭帆團隊、美國德克薩斯大學(xué)西南醫(yī)學(xué)中心吳軍團隊以及安徽醫(yī)科大學(xué)蔣祥祥團隊合作在Nature雜志上發(fā)表了題為Primate gastrulation and early organogenesis at single-cell resolution的研究論文。該研究以食蟹猴為模型，利用單細胞轉(zhuǎn)錄組測序和干細胞分化模型等，繪制了食蟹猴CS8-CS11時期（E20-E29）胚胎的單細胞轉(zhuǎn)錄組圖譜，揭示了原腸運動和三胚層分化（神經(jīng)管、體節(jié)、腸管等的發(fā)育）過程中重要細胞類群的特征及其譜系發(fā)生和調(diào)控機制，并比較了嚙齒類和靈長類早期胚胎發(fā)育事件的進化差異。
研究收集了CS8-CS11階段的食蟹猴胚胎，利用10X單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)捕獲了56636個單細胞并進行生物信息學(xué)分析，明確定義了食蟹猴該時期的38個主要細胞類群，繪制了目前國際上第一張靈長類CS8-CS11胚胎的高通量單細胞轉(zhuǎn)錄組圖譜。
【10】Nature：新冠會改變免疫系統(tǒng) 或會導(dǎo)致機體過度的免疫反應(yīng)
Rachel Sparks， William W Lau， Can Liu， et al. Influenza vaccination reveals sex dimorphic imprints of prior mild COVID-19， Nature.2023 Jan 4. doi：10.1038/s41586-022-05670-5
新冠病毒，通常通過呼吸道感染人類，并造成呼吸系統(tǒng)和人體各個器官的損傷。自2019年底首次爆發(fā)至今，新型冠狀病毒仍在全球肆虐，對世界經(jīng)濟、社會造成極大的負面影響。眾所周知，急性病毒感染在康復(fù)后很長一段時間內(nèi)會對免疫系統(tǒng)產(chǎn)生持久的功能影響，感染新冠后，免疫系統(tǒng)會恢復(fù)到之前的狀態(tài)嗎？感染后是否會改變免疫系統(tǒng)面對其他病毒的反應(yīng)方式？
近日，一篇發(fā)表在國際雜志Nature上題為“Influenza vaccination reveals sex dimorphic imprints of prior mild COVID-19”的研究報告中，來自美國國家過敏和傳染病研究所等機構(gòu)的科學(xué)家們通過研究發(fā)現(xiàn)，感染新冠后，即使是輕癥，也會改變男性的免疫狀態(tài)，使男性對流感疫苗的反應(yīng)更強烈，表明感染后，在面對其他病毒時，男性會引發(fā)更強烈的炎癥反應(yīng)，導(dǎo)致男性免疫系統(tǒng)發(fā)生更明顯的功能變化，即使在康復(fù)后很長時間也是如此。
在該研究中，研究人員使用系統(tǒng)免疫學(xué)方法，通過接種流感疫苗，系統(tǒng)性分析了未感染新冠的人和輕癥新冠但已康復(fù)的人之間的免疫狀態(tài)以及對接種流感疫苗反應(yīng)；總的來說，感染新冠后，康復(fù)者的T細胞激活特征升高，單核細胞中先天免疫基因的表達降低。

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